Juristischer und ideeller Träger der Freien Christlichen Schule Freiburg ist der Christliche Schul- und Erziehungsverein Freiburg e.V. . Damit ist der als gemeinnützig anerkannte Trägerverein auch Eigentümer der Schule.
Die ins Vereinsregister eingetragene Satzung beinhaltet den Zweck des Vereins und seiner Organe.

Zur Zeit arbeiten im CSE e.V. ca. 25 Mitglieder auf ehrenamtlicher Basis mit und beraten in ihren Mitgliederversammlungen die grundlegenden Angelegenheiten des Vereins. Auf die Erhebung von Mitgliedsbeiträgen wird dabei bewusst verzichtet. Voraussetzung für eine Mitgliedschaft ist eine Gemeindezugehörigkeit in einer Landes- oder Freikirche evangelischer Prägung.

Aufgrund des schnellen Wachstums der Freien Christlichen Schule in den letzten Jahren musste auch der Trägerverein seine Strukturen anpassen. Dabei wurde der Corporate Governance Kodex des Diakonischen Werkes Badens umgesetzt. Ziel ist eine transparente Führung der "Non-Proft-Organisation" (Nicht-Gewinnorientiertes Unternehmen). Mit der Trennung von Aufsicht und Leitung soll das Vertrauen in die Managementkompetenz gestärkt werden, Fehlentwicklungen vorgebeugt werden und die Qualität gesichert werden.

Für das "operative Geschäft" und die strategische Ausrichtung trägt nun der Vorstand, bestehend aus Geschäftsführer (Erich Schrank) und Schulleitung (Wolfgang Löchle) die Verantwortung.

Die Aufsicht darüber trägt der von der Mitgliederversammlung gewählte Aufsichtsrat, der ehrenamtlich arbeitet und keine persönlichen wirtschaftlichen Interessen in der Einrichtung verfolgt.

Bei der Jahreshauptversammlung im März 2011 konnte nun der neue Aufsichtsrat (Lars Klauke, 1.Vorsitzende, Bernd Laub, 2. Vorsitzender, Jörg Dohnicht, Siegfried Köble) gewählt werden, der dem Vorstand beratend, begleitend und überwachend zur Seite steht.